サンクルミエール学園に通う夢原のぞみは、少しドジだが元気いっぱいな中学2年生の女の子。ある日、通学途中でイケメンの男性と出会い、偶然にも彼を学園で見つけ図書館へ向かう彼を追う。
そこで光る本を見つけ彼と取り合いになり、彼がその拍子で倒れてしまう。それと同時に彼が小動物のような妖精に変わり、パルミエ王国の王子ココと名乗る。ココはのぞみに光る本の正体ドリームコレットの説明をし、更に王国を滅ぼした悪の集団ナイトメアを倒して王国を復興すべくドリームコレットとプリキュアを探していたことも説明する。
そんな矢先、ナイトメアの手先が現れ怪物コワイナー使役して2人に襲いかかる。しかし、突然どこからか光る蝶が舞い降り、それが変身アイテム・ピンキーキャッチュとなり、のぞみの腕に装着される。
ココは「それでプリキュアに変身して戦ってココ!」とのぞみに伝え、のぞみはそれで「希望のプリキュア」キュアドリームに変身しコワイナーを撃破する。
その後、ココは小々田コージとして学園の教師に赴任し、残りのプリキュアを探すことになる。ドリームコレットを使って願いを叶えるには、ピンキーと呼ばれる妖精を55匹集める必要があるという。
のぞみはココの願いを叶えるべく幼なじみの夏木りんに仲間になるよう説明と説得をする。初めは躊躇ったりんだが、のぞみの助けになりたいと「情熱のプリキュア」キュアルージュに覚醒して一緒に戦うことを決める。
そして、アイドルとして活躍する1年生の春日野うららが、のぞみとりんの変身を見て2人に問いかける。
その後、うららは2人のピンチに出くわし「助けたい!」という気持ちが強まり「弾けるプリキュア」キュアレモネードに覚醒して3人目の仲間になる。
更に、3年生の図書委員・秋元こまちと、彼女の親友かつ生徒会長の水無月かれんが学園の騒動と3人の行動に疑念を抱いていたが、のぞみの話を聞き一緒に戦うことを快諾して、こまちは「安らぎのプリキュア」キュアミントに、かれんは「知性のプリキュア」キュアアクアに覚醒して5人が集う。
そして、キュアドリームをリーダーとした「Yes!プリキュア5」が結成される。
ある日、いつものように学園にかようのぞみたちに平和な学園の生活に昼食の時間がやってきた。
そこには教師になりすましたココもやってきて何の変りもない会話を話しているとココから意外な一言が告げられる……。
のぞみ「えぇ〜!!ココたちの故郷が襲われたときに人間の女の子がいたの!?」
ココ「あぁ、…とても小さかったからのぞみたちよりは年下なんだとは思うんだが…」
リン「でも…ココたちの世界って異世界でしょう?なんでまた人間の女の子だいたの?」
ココ「わからない……でもナイトメアたちに襲われたときに彼女は歌っていたんだ」
うらら「うた?なんでまた…」
ココ「…でも僕らは攻撃を受ける前に見えない壁に妨害されてケガをしないで助かったんだよ……
そして、ナイトメアたちも一気に倒されて僕らは助かったんだ…」
こまち「それで…その女の子はどうなったの?」
ココ「……わからない、ナイトメアが消えて彼女も消えてしまったから……
でも僕らにとっては命の恩人ともいうべき相手なんだよ」
かれん「それは……不思議な話ね……その子が今も生きているとは限らないし
それに…私たちの世界にいるとは限らないし…」
かれんは冷静に分析を始める。それに対しりんたちは苦笑いしていた。
のぞみ「ココ!私もその子を探すのを手伝うよ!」
ココ「え?!」
リン「あのねぇ〜のぞみ、あんたそんな無茶なこと言わないの!!
世の中どれだけ広いと思ってんの!?
それに何の手掛かりもないんだし……」
こまち「なにか、その子の容姿覚えていることはない?」
ココ「えぇ…っと、確か目は茶色で髪の色は黄土色のストレートだったような気がする」
のぞみ「外国人とか?」
ココ「日本語うたってたけど?」
こまち「そうね、……変わった容姿だけど、それだけの特徴があれば探しやすいわね
私も暇なときに手伝うね!」
かれん「ちょっと、こまち!!」
こまち「いいじゃない、これも生徒会長の務めよ?かれん」
のぞみ「じゃあ、みんなでその女の子探し決定〜!!」
のぞみがみんなの賛成意見をまとめて結局探しに行くことになったのだ‥‥・
にこりとほほ笑むこまちに呆れながら、暇なときにねと念を押しその話はそこで終わった
……だが彼女たちはまだ知らない
意外な展開でその少女で出会うことになるとは……
この時は誰も知らなかった。