1作目「
忍たま乱太郎☆蒼穹の桜願の如く」
天女騒動でとある事件を起こし、一人の生徒が犠牲になり士気が下がっていた忍術学園に死んだはずの生徒と瓜二つの少年がやってきて‥‥？
2作目「
絶対可憐X忍たま乱太郎☆特務エスパーと忍者
特務エスパー「ザ・チルドレン」として活躍していた4人目の最年少女は普通の人々の陰謀で異世界へ飛ばされてしまった
その先は何と「室町時代」山賊に襲われていた3人の少年を助け出し別れようとしていたが怪我を負い忍術学園へ！
3作目「
忍たま乱太郎☆神牙の若君」
神牙と呼ばれる戦が少なく、物資だけでなく町や領主との関係も良好である理想の地にひとりの後継者が産まれた
村人達は、皇子の誕生を大いに喜び祝福しました。小さな皇子は、勤勉で聡明且つ誰に対しても優しい心を持っていたため誰もが彼を愛しました。
そんな彼が成長して8歳くらいになった男の子に父である城主は忍術学園まで大事な文を届けて欲しいとの依頼を頼んだのだ。本来なら、忍びの組頭奏多に頼むものだがそれには深いわけがあった。
その訳とは？