日本（エリア11）訪問の話ですね。
メインは神楽耶との初対面（ではないが）で、記憶のトリガーを少しずつ引いていくためのものです。ゲームでいうとルルーシュと会うには必要条件回収（フラグ）みたいな。
数年前より神楽耶は無邪気ではいられなくなっているし、スザクも性格が大人しくなってしまった。戦争（侵略）によって、子供が子供の時間を奪われ、大人のような振る舞いを覚えていく。ヒロインが記憶を回復させることで突き当たっていくのは、その一部に自分も加担していたことで得る罪の意識です。
その罪の贖罪が、行動動機に切り替わっていきます。
普通は、たとえ悲劇が起きたとしても〝誰も悪くなかった、自分（ヒロイン）も被害者の人生を歩んできた〟と振り切ることができることができるのですが、ヒロインは子供側の苦しみの理解があり、他人を助けることで自分を助けようとする、いわゆる原作スザクのような精神的な行動原理を持ち合わせている。（一般的に、メサイアコンプレックスや代償的贖罪という）
その傷（行動原理となる核）を持っていないと、原作の話からルート派生させて描くのは難しいということで動機づけとして書いています。
原作スザクはユフィと出会い、彼女の理想にのせて自分の贖罪と行動を昇華させていこうとして、ルルーシュがギアスで大失敗やらかしてるせいで精神がより拗れてしまっている。最終的にゼロレクでやっと昇華させるのですが、ギアスの物語は当然この二者の少年の行動や価値観に収束するので、そこに絡む話にするとこうなってしまったというかんじです。